Ještě na počátku roku 1938 pracovaly všechny zednářské lóže na našem území normálně a nic nevěstilo ono tragické září. Mnichovská dohoda a její důsledky se zednářů dotkly nesmírně bolestně. Pro Lóži Národ tato situace byla obzvlášť krutá. Bratři, kteří se o vznik samostatného státu významným způsobem zasloužili, byli s Československem vnitřně identifikováni a chovali k němu hluboký emocionální vztah. Vznik Lóže Národ byl silně ovlivněn národnostně politickými aspekty – její první uspání nastalo též z důvodů politických: za diktatury není zednářství možné, a proto se Národní Veliká Lóže Československá během protektorátu oficiálně odmlčela. Zednáři se stali symbolem nepřátelství vůči protektorátu a samotné říši, a proto byly zpracovávány soupisy zednářů českých i německých.
Většina bratrů z Lóže Národ tvořila odbojovou skupinu Národ. Ta podporovala především československé letce při útěku na západní frontu a starala se o jejich rodiny.
Členové skautu po svém oficiálním zákazu založili Zpravodajskou brigádu, protiněmeckou zpravodajskou organizaci fungující na území Prahy a okolí. V té se z členů Lóže Národ nejvýznamněji angažovali bratři Josef Hlavatý a Jan Lorenz.
Nekomunistický odboj se v protektorátu snažil zastřešit Přípravný revoluční národní výbor, do jehož práce se zapojili bratři Jaroslav Kvapil, František Richter, Emil Lány či Kamil Krofta.
Samostatnou kapitolou jsou aktivity bratra generála Aloise Eliáše. Tento voják a politik se po obsazení českých zemí zapojil do odbojové činnosti v organizaci Obrana národa. Její činnost byla vyzrazena, a tak byl 27. září 1941 generál Eliáš zatčen a odsouzen k trestu smrti. Poprava byla vykonána po atentátu na Reinharda Heydricha, 19. června 1942.
Pro svoji činnost v zednářské lóži byl uvězněn také Jiří Syllaba. Svůj pobyt v terezínské pevnosti vylíčil v knize Vzpomínky a úvahy lékaře, kterou vydal v roce 1992. Jiří Syllaba byl v Terezíně zařazen jako vězeň-lékař, jenž sice mohl poskytovat první pomoc, ale jen při úrazech; nesměl působit jako plnohodnotný lékař. Ke konci války pak s nasazením vlastního života zachránil mnoho spoluvězňů, kdy bez jakýchkoli dnes běžných medicínských prostředků zvládl rozsáhlou epidemii skvrnitého tyfu.
Z Lóže Národ bylo za protektorátu popraveno nebo umučeno 10 bratrů, dalších 23 bylo vězněno.
kolektiv (text pochází z panelu výstavy 100 let lóže Národ v Klementinu)
