Po pádu komunistického režimu, na konci roku 1989, žilo v Československu už jen 28 zednářů, kteří si pamatovali uspání zednářství v roce 1951. Od toho roku Řád v našich zemích nefungoval, bratři ale zůstávali nadále v kontaktu, scházeli se ve svých bytech a připravovali přednášky. V rámci možností se snažili komunikovat se zednáři v zahraničí, především prostřednictvím Spojené Veliké Lóže Anglické (UGLE) a Veliké Lóže Finska (Suomen Suurloosin). Někteří členové zmíněných zahraničních lóží dokonce osobně navštěvovali naše zednáře při svých cestách do Československa, což bylo tehdy riskantní pro obě strany.
V té době se českoslovenští bratři žijící v exilu v Německu setkávali ve dvou lóžích, v Lóži Tomáš G. Masaryk, č. 957, v Bonnu a v Lóži U tří hvězd (Zu den Drei Sternen), č. 969, v Mnichově. Právě tyto dvě lóže uspořádaly pod patronací Veliké Lóže Německé (Grossloge der Alten Freien und Angenommenen Maurer von Deutschland) v září 1990 zednářské setkání v Praze na Žofíně, kterého se zúčastnilo 160 československých zednářů žijících v zahraničí. Lóže U tří hvězd následně přenesla svoji činnost z Mnichova do Prahy.
Veliká Lóže Československá byla znovuobnovena 17. listopadu 1990. Prvním Nejctihodnějším Velikým Mistrem Veliké Lóže Československé byl zvolen Jiří Syllaba, který byl členem Řádu od roku 1926. Především díky vytrvalé snaze a úsilí o komunikaci se zahraničními lóžemi v Evropě i USA byla plně uznána UGLE kontinuita československého zednářství od roku 1923 (vznik NVLČs) až do roku 1990. Stejného uznání kontinuity se dostalo našim zednářům od mnoha dalších velikých lóží po celém světě. Den 17. listopad 1990 byl pro novodobé svobodné zednářství mimořádně důležitý. Kromě obnovení Veliké Lóže Československé došlo i k probuzení lóží Národ, Dílo a Most.
Slavnostní akt se odehrál v Martinickém paláci na Hradčanském náměstí a účastnilo se ho 18 původních československých zednářů, jejichž průměrný věk byl 81 let, a 86 zahraničních hostů ze 13 států. Poté následovala Bílá tabule v restauraci Vikárka na Pražském hradě. Ohlas byl velký, jak dokládají slova jednoho z amerických účastníků: „Opouštěli jsme Hradčany s pocitem, že jsme se účastnili historického momentu, který se nemusí v příštích tisíci letech opakovat. Viděli jsme zde takový entuziasmus, jaký je v USA málokdy k vidění.“
Po rozdělení Československa na Českou a Slovenskou republiku v roce 1993 se Veliká Lóže Československá přejmenovala na Velikou Lóži České republiky (VLČR), ale nadále zahrnovala i lóže na území Slovenska. Samostatná Veľká Lóža Slovenska vznikla 21. března 2009 uznáním regulérnosti velikými lóžemi Anglie, České republiky, Rakouska a Německa. V současné době na území Slovenska pracuje šest lóží – Kozmopolis, Libertas, Humanizmus, Quatuor Coronati a Generál Štefánik v Bratislavě a Pavol Jozef Šafárik v Košicích.
Důležitým mezníkem v českém svobodném zednářství posledních třiceti let bylo sloučení VLČR s Velikým Orientem Českým, který vznikl v roce 1993 vyčleněním tří lóží z Velikého Orientu Francouzského. Veliký Orient Český měl v době sjednocení s VLČR 8. března 2008 celkem pět aktivních lóží (Comenius 17. 11. 1989, Dílna lidskosti, Cestou světla, Lux in tenebris a Petra Solaris) a jednu lóži uspanou (Bratrství).
Veliká Lóže České republiky se v průběhu let od roku 1990 do současnosti rozšířila ze tří probuzených lóží (Národ, Dílo a Most) na 25 aktivních lóží. Několik lóží pracuje v cizích jazycích, což umožňuje zapojení zahraničním bratrům dlouhodobě žijícím a pracujícím v České republice. Konkrétně jsou to lóže francouzská, italská, dvě anglické a dvě německé lóže.
O tom, že se svobodnému zednářství v České republice daří, svědčí i fakt, že v posledních pěti letech byla v každém roce založena jedna nová lóže mimo Prahu (v případě olomoucké Lóže Lafayettova na třech rovinách se jednalo o probuzení). Řád má v současné době téměř 600 členů.
kolektiv (text pochází z panelu výstavy 100 let lóže Národ v Klementinu)
